Sebagai komitmen untuk menjaga kelestarian lingkungan, Rumah Sakit Akademik Universitas Gadjah Mada melaksanakan pengelolaan limbah sesuai dengan ketentuan Kemenkes RI Nomor 1204/MENKES/SK/X/2004 tentang Persyaratan Kesehatan Lingkungan Rumah Sakit yang diantaranya berisi peraturan mengenai fasilitas pengelolaan limbah padat dan cair rumah sakit. Pengelolaan limbah padat dilakukan melalui reduksi limbah mulai dari sumber, pengelolaan dan pengawasan penggunaan bahan kimia yang berbahaya, beracun, dan setiap peralatan yang digunakan dalam pengelolaan limbah medis telah melalui sertifikasi dari pihak yang berwenang. Sedangkan pengelolaan limbah cair dilakukan melalui pengumpulan dalam container yang sesuai dengan karakteristik bahan kima dan radiologi, volume, dan prosedur penanganan dan penyimpanan, serta limbah dari di Rumah Sakit Akademik UGM diolah melalui Instalasi Pengolahan Air Limbah (IPAL) sendiri. Kualitas limbah (efluen) rumah sakit yang akan dibuang ke lingkungan telah memenuhi persyaratan baku mutu sesuai Keputusan Menteri Lingkungan Hidup Nomor KEP-58/MENLH/12/1995 atau peraturan daerah setempat.
